Pada
kali ini kita akan membahas tentang bioinformatika yang saya ambil dari
beberapa sumber yang tentunya saya terterakan dibawah. Definisi Bioinformatika yang
dalam bahasa Inggris disebut “bioinformatics” adalah
(ilmu yang
mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis.
Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika,
daninformatika untuk
memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta
informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputibasis data untuk
mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment),
prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur proteinmaupun
struktur sekunder RNA,
analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Jika
kita pantau dari sejarahnya sendiri Istilah bioinformatics mulai
dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk
mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan
bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan
pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah
dilakukan sejak tahun 1960-an.
Kemajuan
teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens
biologis dari protein (sejak awal 1950-an)
dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali
perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data
sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika
Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir
1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European
Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan tekniksekuensing DNA
yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan
jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an,
menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan
kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan
lahirnya bioinformatika.
Perkembangan Internet juga
mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang
terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke
dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan
analisis. Selain itu, penyebaran program-program
aplikasi bioinformatika melalui Internet memudahkan ilmuwan mengakses
program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.
Cabang-cabang
Bioninformatika
Pada
Bioinformatika jika ditelusuri mendalam terdapat banyak cabang-cabang disiplin
ilmu yang terkait dengan Bioinformatika, dikarenakan bioinformatika sendiri ialah
suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan banyak pilihan bagi
orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan
teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika karena
penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur membutuhkan
penggunaan TI.
2. Computational
Biology
Computational
biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas)
yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational
biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada
biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical
Informatics
Medical
informatics adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan
sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis.” Ini
merupakan pengertian yang di dapat enurut Aamir Zakaria. Medical informatics lebih
memperhatikan struktur dan algoritma untuk pengolahan data medis, dibandingkan
dengan data itu sendiri. Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan
besar berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih
“rumit” (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah
kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining
yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech
Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI
untuk merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan merupakan
suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli biokimia(Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah
bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang
paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untukmenganalisa atau membandingkan
seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. Secara logis tentu saja
mungkin untuk membandingkan genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu
himpunan bagian dari gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan
D.J. Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical
Biology
Menurut
Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology melingkupi
semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan sesuatu yang
beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan tidak perlu berguna
dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith.
1999)
7. Proteomics
Istilah
proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan dari
protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn [DUNN2004],
mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin complement of the genOME“.
Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan dengan: “studi kuantitatif dan
kualitatif dari ekspresi gen di level dari protein-protein fungsional itu
sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka antara biokimia protein dengan biologi
molekul” (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics
adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari
target-target obat. Contohnya meliputi menjaring semua genom untuk penerima
yang potensial dengan menggunakan cara Bioinformatika, atau dengan menyelidiki
bentuk pola dari ekspresi gen di dalam baik patogen maupun induk selama
terjadinya infeksi, atau maupun dengan memeriksa karakteristik pola-pola
ekspresi yang ditemukan dalam tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan
diagnosa (kemungkinan untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah
bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode
genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik,
contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik dari profil
respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi tersebut untuk
memberitahu administrasi dan pengembangan terapi pengobatan (Attwood, T.K., dan
D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran
dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika di atas
memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang sangat luas
dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya. Hanya sedikit pembahasan
kali ini yang tidak terlalu mendalam, saya harapkan ini dapat bermanfaat. Sekian
J
Salam Cyber…
Sumber:
Id.Wikipedia.org
Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999. Introduction
to Bioinformatics. Harlow: Pearson Education.
Krane, D.E., dan M.L. Raymer. 2003. Fundamental
Concepts of Bioinformatics. San Francisco: Benjamin Cummings.
Mount, D.W. 2001. Bioinformatics: Sequence and Genome
Analysis. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
0 comments:
Posting Komentar